Proloog
We weten nu wie de onbekende aanboord van het schip is en ons bedreigt. De Marquise van het eerste deel heeft Morgan LeFlay gestuurd om de hand van Guybrush te bemachtigen. Zo komt het tot een zwaardgevecht. Morgan hakt de hand van Guybrush eraf en belandt op de railing van het dek. Praat en vecht met Morgan tot we beneden op het dek bij de haak aan de rechterzijde van de zeemeeuw staan. Pak de haak. Guybrush gebruikt de haak, als vervanging van zijn hand. Praat verder tot je boven op de brug staat. Gebruik de haak op de kabel. We staan dan op de mast te schermen. Klik rechts op het touw van de visemmer, zodat de emmer los hangt. Praat verder tot je weer op de brug staat. Draai aan het stuurwiel. De visemmer schuift naar de andere zijde. Praat verder tot je op het dek bij de zeemeeuw staat. Verjaag de zeemeeuw. De zeemeeuw pikt een vis uit de emmer, de emmer valt op de plank en Morgan wordt naar de railing met de hand geslingerd. Morgan grijpt de hand en verdwijnt in de zee. De emmer heeft de mast uit balans gebracht en is kapot. We zoeken een haven waar we de mast kunnen repareren. Klik op de kaart (naast de bemanning deur) en zeg tegen Winslow om koers te zetten naar het 'Jerbaid' eiland.
 

Jerkbaid Isle - Spinner Cay
Guybrush stapt van het schip. Loop naar rechts en dan links over de plankenbrug naar het vlot. Praat met de zeemeermin Anemone - een lid van de 'Merfolks' Vraag altijd alle gesprek opties. Loop verder en boven is de Koninklijke troonkamer. Je hoort dat ze artefacten zoeken. Je ziet Elaine. Ze komt naar beneden en geeft haar ring. Ga naar boven en praat met MerLeader, Elaine en McGillicutty. Elaine vertelt dat LeChuck een normaal mens geworden is en ze geeft je een vervoerpas. Ga terug naar beneden (klik achter het bad op 'exit') Loop iets naar rechts , op de kruising ga je rechts (zuid) en loop naar de bibliotheek. Praat met Tetra. We weten nog niet welk boek we moeten lezen. Ga terug naar de kruising. Kijk links op het beeld en je pakt de visoog. Ga rechts naar de "Bait and Repair". Pak de emmer en praat met de Anemone. De mast wordt gerepareerd. Kom iets te weten over de bomen op "Spoon" eiland. Ga terug naar de pier met de vlot. Geef de pas aan de Anemone en je huurt de vlot voor een dag. Vaar naar 'Spoon' eiland.

Spoon Island

Praat op het strand met de 2 piraten, die vechten om een van de artefacten. Ze verstoppen de schatkist, als je over McGillicutty vertelt. Ga de Jungle in, opzoek naar LeChuck. Ga in de jungle Links (west), 2x Noord en Links. Praat met LeChuck. We zijn het eens over de samenwerking en pak de oester coupon. Vaar terug naar het hoofdeiland.

Spinner Cay

Bait and Repair: Geef de oester coupon aan de Anemone en krijg een oester.

Open (combineer) de oester met de haak en krijg de parel.

Spoon Island

Ga naar LeChuck. Geef hem de parel en geef hem advies:

• So, how much longer do you think?

• What are you carrying with you?

• Use...claw thingie...the pearl.

• Praat verder met hem.

• You look like you are still struggling, need some more help?

• Use...MerFolk key...clamshell lock.

Gebruik je gereedschap uit de inventaris (ancient tool) op de ander oester. Probeer de gouden 'Turtle' artefact uit het Merfolk altaar te pakken, maar je bent niet sterk genoeg. Pak het breekijzer (Prying Tool) op het altaar. Geef het breekijzer aan LeChuck en hij pakt de schildpad artefact. Hij wil het niet afgegeven. Guybrush wordt woedend en valt naar beneden. Pak het breekijzer en verlaat de plaats. LeChuck is inderdaad veranderd en geeft je toch de gouden 'Turtle' artefact. Ga terug naar de vlot en vaar naar het Roe eiland.

Roe Island

Gebruik de medaillon uit de inventaris in de 'Manatee' vis en krijg een leeg velletje papier. Gebruik (combineer) het papier met de "Eye of the Manatee" uit de inventaris. Combineer daarna het visoog met de "Eye of the Manatee" om er een soort vergrootglas van te maken. Combineer het vergrootglas 'fish eye of the Manatee' op het papier en Guybrush leest de naam van een boek "101 fish jokes".

Spinner Cay
In de bibliotheek vraag je aan Terra het "101 fish jokes" boek. Open het visgrappen boek en pak de speciale coupon.

Bait and Repair. Geef de speciale coupon aan de Anemone en krijg lichtgevend aas 'glowy bait'.

Spoon Island
Ga de Jungle in. Ga rechts (oost) naar de vis wensput "Fishingh well'. Combineer het lichtgevend aas met de haak en Guybrush vist automatisch de gouden vis artefact uit de visput 'Fish Artifact'. Pak de viseitjes coupon van de rand van de visput. Ga naar het strand en praat met de piraten. Ze halen de verborgen schatkist terug. Ze moeten afgeleid worden, zodat beide de andere kant opkijken. Praat met beide tot je in het gesprek hen voorstelt om een "Staring Contest" te doen. Zeg dan 'look! a distraction!'. Ze draaien zich om en leg dan de papagaai in de schatkist. Ze verstoppen de schatkast weer op een ander eiland als je over McGillicutty vertelt. Als ze terug zijn gaan we opzoek naar de schatkist met de papagaai erin.

Spinner Cay
Ga op je schip. Klik op de kaart en zeg tegen Winslow om koers te zetten naar 'Brillig' eiland.

Brillig Island
We horen de papagaai praten. Loop over het zand. Guy graaft de schatkist uit het zand en pakt de 'Seahorse' artefact. Ondertussen heeft Morgan de hand naar onze Dokter uit het 1ste Deel gebracht, maar hij heeft de hele Guybrush nodig voor zijn experimenten.

Spinner Cay

Guybrush vaart terug naar 'Jerkbaid Island'. McGillicutty heeft de leider van de Merfolk ontvoerd en valt het eiland aan met zijn schepen. Winslow brengt ons schip in veiligheid. Elaine moet gered worden. Ga naar de bibliotheek en bevrijd Elaine. Ze maakt een plan en vertrekt. Pak met de emmer de hete kolen. Ga boven naar de troonkamer en pak aan de voorzijde van het bad de "Hot Tub Controls".
 

Spoon Island

Ga de Jungle in. Ga Rechts en Noord. Hier is LeChuck met Piraten aan het vechten. Ga links. Hier staat een 'Vacaylian' oven. Leg de hete kolen onder in de barbecue. Plaats de 'Hot Tube Control ' op de barbecue. Draai de knop naar de hoge warme stand en smelt de 'pyrite' papagaai in de barbecue. In de inventaris heb je dan een kom met gesmolten 'pyrite'. Loop nu snel voordat de 'pyrite' verhardt. Ga Links, Noord en Links naar de klif. Gebruik de kom met de gesmolten pyriet op de 'Cliff Edge'. Je giet de pyriet beneden in de schildpadvorm van het 'Merfolk' altaar. Ga Noord, 3x Zuid, en 2x Links. Pak de valse pyriet 'Turtle' artefact met het breekijzer - 'Fake Turtle Artifact'.

Het mineraal pyriet of ijzerkies is een ijzer- en zwavelerts.

Het wordt wel 'gekkengoud' ('fool's gold') genoemd omdat het soms voor goud aangezien werd.

Ga naar LeChuck - 4x Rechts, Zuid en Rechts. Gebruik de valse artefact op LeChuck en vertel hem dan iets over "afleiding - distraction". Vaar met het vlot naar de 'Screaming Narwhal' achter de blokkade, tussen de 2 piraten schepen - onder in het scherm.

Screaming Narwhal

Vaar via de kaart naar het schip van McGillicutty. Maak hem kwaad. Hij zal op de mast schieten en beschadigen.
 

Brillig Island
De piraten zoeken naar de schatkist. Zeg dat ze bij de boom (palm/rubberoom) moeten graven.
Klik dan op de palmboom, bij de roeiboot, en hij valt om.

Jerkbaid Isle - Spinner Cay

Bait and Repair: Zeg dat je een (rubber) boom gevonden hebt waarmee ze de mast kunnen repareren.

Geef de coupon en krijg viseitjes. 
 

Screaming Narwhal

Vaar terug naar het schip van McGillicutty. Maak hem weer kwaad en hij zal opnieuw op de mast schieten.
Deze keer stuit de kanonskogel terug en het vijandelijke schip zinkt.

Epiloog: De terugkeer van Morgan LeFlay

Jerkbaid Isle - Spinner Cay
Je wordt bedankt. Praat met MerLeader en Elaine. Je geeft de Artefacten en krijg de 'ball' artefact. Loop naar het einde van de plankenbrug - bij je schip. Gooi de bal artefact in het water. Schildpaden verschijnen uit het water. Zeg tegen Winslow dat je klaar bent om te vertrekken. Elaine vaart niet mee. LeChuck zal op haar passen. Het schip wordt door de schilpadden voortgetrokken. Onderweg ontmoeten we weer Morgan, die je compleet naar de Dokter wil brengen. Praat met haar en een enorme zeemonster zal dit verhinderen?

Einde